Campeão paulista da terceira divisão (1990)

Foi o primeiro título da história do São Caetano, conquistado logo em sua primeira participação em campeonatos oficiais. Naquele ano, o Azulão ganhou 14 jogos, empatou 10 e perdeu 2. Marcou 45 gols e sofreu 19, garantindo, assim, o acesso ao campeonato da segunda divisão paulista do ano seguinte.

Campeão paulista da segunda divisão (1991)

Continuando sua ascensão meteórica, o São Caetano ganha também a segunda divisão paulista logo em seu ano de estréia. Foram 22 vitórias, 16 empates e apenas 6 derrotas, com 49 gols marcados e 23 sofridos. O artilheiro do time foi o veterano Serginho Chulapa, com 17 gols.

Campeão paulista da terceira divisão (1998)

O São Caetano ganhou a Série A-3 e garantiu presença na Série A-2 do Campeonato Paulista do ano seguinte com uma campanha de 20 vitórias, 6 empates e 4 derrotas, 50 gols marcados e 23 sofridos. No mesmo ano, o time foi vice-campeão da Série C do Campeonato Brasileiro, subindo para a Série B de 1999.

Campeão paulista da Série A-2 (segunda divisão, 2000)

Somando-se a fase classificatória (que qualificou o Botafogo de Ribeirão Preto para a disputa da Série A-1 daquele mesmo ano) e a fase final (que deu o título da A-2 ao São Caetano), foram 19 vitórias, 6 empates e apenas duas derrotas.